秘密結社是中國民間社會的一個重要組織形式，有著悠久歷史傳統，其功能是在政治高壓社會網絡中為孤立無援的個人提供咨詢和幫助。據研究，晚清北方中國活躍的所謂義和拳只是中國民間秘密結社的一個分支，大多屬于白蓮教系統，其政治起因多是不滿意于滿洲“異族”統治，故而在清朝前期從事“反清復明”政治活動，基本上是以民間力量為清朝政治統治制造麻煩。到了清朝中期，民族意識在長時期消磨中逐漸喪失，由白蓮教系統演化出來的所謂義和拳實際上已演變成以強體健身、自衛身家為宗旨的民間武術或娛樂團體，他們的政治訴求一般說來比較簡單具體，因為他們已失去以滿洲人為斗爭對象的可能和機會。

鴉片戰爭后，傳教士隨著列強的戰艦大規模東來，涌入內地，他們在向中國社會傳遞西方近代文明的同時，毫無疑問也因為對中國國情缺乏了解而支持或者說利用了一些無良中國人。不可否認早期教民中有許多虔誠的中國人真心向教，但同樣不可否認早期教民中也有一些無良之士甚至地痞無賴。這些無良之士利用傳教士作背景，欺行霸市，為非作歹，橫行鄉里，激化了中國民間社會中西文化矛盾，西方來華傳教士無端替那些無良教民承擔了責任。民間社會與“新異族”傳教士的矛盾不斷加劇，他們逐漸將傳教士作為主要斗爭目標和襲擊對象。于是民間秘密結社成為晚清中國社會中抵抗外來侵略尤其是反對外國傳教士斗爭的中堅力量。在甲午戰前，中國民間秘密結社反洋教的斗爭雖然時有發生，但從總體上看，這種斗爭既沒有形成規模，也沒有多少政治深度，更多的只是各地因某些具體事件而發生的反對教士、教民不法行為的所謂“教案”而已。

甲午戰后則不然。隨著列強瓜分中國步伐的加快，中國民族危機日益加深，而且隨著外國洋貨大量輸入，近代新式工業興起，民間生存狀況生存條件都發生了很大變化，較之戰前不是有所改善，而是進一步惡化。有了這種最直接的個人生命體驗，中國人民尤其是廣大農村人民在將這種責任歸罪于清政府無能的同時，他們更直接的感受就是那些仰仗洋槍洋炮而作威作福的洋教士們以及他們所豢養的那些所謂教民幾乎沒有什么好東西。他們的憤怒無一例外地對準這些洋教士和土教民。就傳教士本身來檢討，他們本來是肩負著傳播“福音”的使命來到中國。一般說來，在甲午戰前，除個別傳教士懷有某些政治野心，不安分于傳教而熱衷于政治活動外，大多數傳教士還是在中國廣大地區尤其是農村地區，特別是偏遠的農村地區作了許多有益的慈善、教育普及等工作。

然而到了甲午戰后，由于列強瓜分中國的步伐在加快，在中國境內的外國傳教士也發生了某些分化，相當一部分傳教士已不安心于本職，開始直接或間接為其國家利益服務，違背了其為上帝傳播“福音”的原初宗旨。例如德國天主教會圣言會在山東的主教安治泰，一直要求德國政府為教會利益采取積極有力的行動，因此當巨野教案發生后，他立即向德國外交部建議應該利用這個大好機會出其不意占據膠州灣，并將此變為德國在遠東的一個重要基地。這種具有明顯政治色彩的言行顯然不符合傳教士的角色，不符合傳教士來華的原初本意，顯然是以宗教外衣從事政治活動，這自然引起中國人的反感。

像安治泰這樣的傳教士在當時雖然并不具有普遍意義，但也為數不少。諸如法國傳教士樊國梁、美國傳教士丁韙良、李佳白等，他們雖然在近代中國社會轉型過程中起過相當重要的作用，但隨著中國政府與西方國家尤其是與他們自己的國家發生某種沖突或外交緊張時，他們都在某種程度上背棄了宗教信仰，而屈從于更現實的政治，都曾向其故國竭力鼓吹過瓜分中國，要求其政府動手建立自己的侵略基地。在某種程度上可以說，甲午戰后列強在中國爭奪租界地、搶占勢力范圍，企圖通過武力或非武力的手段瓜分中國的陰謀，一直有傳教士在其間起作用。像樊國梁、丁韙良、李佳白這些傳教士在中國多年，精通中國國情和內部事務。如果沒有他們的鼓吹與煽動，甲午戰后列強瓜分中國的陰謀與行動或許不會那么嚴重。正是在這樣一種背景下，中國人民反對傳教士和外國教會的斗爭在甲午戰后便進入新的歷史階段，反對教會與傳教士的局部斗爭便自然地與反對列強瓜分中國的斗爭緊密結合起來。

就戰后中國各地遭受外國侵略、蹂躪的程度來說，山東的情況似乎更嚴重。山東人民不僅在戰爭中遭受日本侵略之苦，而且在戰后深受列強瓜分之害。德國于1897年強行占領膠州灣后，便開始把山東視為自己的勢力范圍，視為自己的殖民地，他們在山東境內大肆修筑鐵路，開采礦山，強占民田民房，破壞水道墳塋，給山東人民尤其是鐵路沿線的居民帶來了沉重災難與痛苦。特別是按照中德雙方達成的修筑鐵路相關協議，明確規定占用當地居民的土地應該給予相應的補償和優待，但在實際上這些被占土地的農民根本得不到補償，或者得到的補償非常少，這勢必引起被占土地的大量農民強烈不滿，引發一系列突發事件。按照中德雙方約定，一旦發生這些突發事件，亦應由中國地方官府從重懲辦，如罪而止，并沒有德國派兵聽其圍剿平息的明文。然而由于中國政府特別是地方政府行政效率太過低下，當這些突發事件爆發后，地方政府往往反應遲鈍，制止不力，甚至有縱容民間社會向德國殖民當局鬧事之嫌。于是久而久之，德國殖民當局根本不顧忌中德雙方先前達成的諒解，一旦某地發生騷亂，殖民當局往往繞開中國地方政府，迅速派兵直接鎮壓，結果雖然將這些以反對強占自己土地為主要宗旨的騷亂鎮壓下去了，但無疑激起了山東民眾對德國人極端霸道的反感。

為了平息民怨，參與處理這些糾紛的山東地方官吏曾向清政府提出過很好的建議，希望由政府出面協調與德國殖民當局的關系，維持原條約中的約定，但凡租借地界外發生糾紛，仍歸中國地方當局處理，以免各方爭論不休而起紛爭。然而這樣的建議或不被清廷所重視，或不被德國人所接受，結果矛盾越積越深，局部抗爭逐步演化成大規模武裝反抗。侵占瓜分山東的不只是德國，其他國家也試圖在山東建立自己的勢力范圍。甲午戰后，威海衛被日本軍隊占領達三年之久，之后又被英國強行租借。英國還強行圈占文登、榮城等縣，逼迫農民交糧完稅。山東在淪為德、英、日等國殖民地后，社會經濟遭到嚴重破壞，南北大運河運輸業因外國資本壟斷的沿海航運業迅速發展而急劇衰落，過去憑借運河之利得以謀生的船夫、挑夫、搬運工等在高效率低成本運輸工具運輸手段沖擊下大批失業，四處流浪。

人禍之外是天災。山東地區自1895年起不知何故天災頻仍，黃河連年決口，受災面積達五十州縣。1899年，黃河流域又遇到歷史上罕見的大旱，山東境內饑荒嚴重，饑民遍地，流民遍野。人們流離失所，社會動蕩不安。處在饑餓、死亡線上的人們最容易被感化，最容易被煽動。正是在這種情況下，秘密結社義旗一張，便立即得到廣大農村民眾積極響應，并最終演化成聲勢浩大的群體騷動。騷動的主體就是那些民間秘密結社，他們在下層社會盤根錯節世代相沿，擁有巨大勢力和復雜網絡。他們的活動隱現起伏，直接反映政治統治秩序治亂興衰。一般來說，在政治統治比較鞏固時期，這些民間秘密結社的活動比較蕭條；反之，當外患嚴重或統治秩序比較無序時，民間秘密結社就比較活躍。

綜合各種文獻記載，1895—1899年間在北方地區的秘密結社至少存在著武圣教（金丹道支派）、如意教（儒門教）、大刀會、紅拳、義和拳、訣字、紅門、彌勒教、梅花拳、鐵布衫、金鐘罩、紅燈照、八卦教、離卦教、黃洋教、在理教、混元門、六合拳、圣賢道、一炷香、白蓮教、江湖會、仁義會、紅槍會、天地會、哥老會等。如果從人員構成進行分析，這些教門結社的主體主要是游離在傳統農業社會經濟結構之外的社會成分，如和尚、道士、拳師、術士、游勇、流民、民間藝人（如耍猴的、架鷹的、耍武把式的）等。他們浪跡江湖，見多識廣；行蹤詭秘，飄忽無常；身無所有，勇于反抗。故而在社會動蕩期，他們往往充當反抗官府活動的急先鋒或組織者角色。

至于這里說到的義和拳，其來源復雜，演變曲折。1899年，時任吳橋縣令的勞乃宣根據有清一代有關白蓮教的上諭、奏疏等相關資料，著有《義和拳教門源流考》，認定義和拳乃十九世紀初信奉太平盛世說的白蓮教的一個重要教派。勞氏這一看法影響很大，許多研究者接受了這一看法，認定義和拳起源與這一以反朝廷為主旨的民間秘密組織有關。不過，后來有些研究者似乎并不完全認同這一看法，或以為義和拳源于一種由官方提倡和主導以勤王為目的的民團組織，即擔負著村莊防衛功能的民團；或以為大刀會和神拳在整個華北的騷亂中扮演著重要角色，但直魯邊界地區的義和拳是這次民眾運動的主要來源；或以為義和拳的興起和傳播主要是因為魯西地區特殊的文化環境，最具有核心作用的是其具有標志性儀式，即民間藝人中那些耍武把式的人所表現出的“刀槍不入”和“降神附體”。這種儀式易于接受，又與其本身來自華北農村的文化和風俗習慣息息相關。

綜合各家研究可以看出，后來的義和團成分比較復雜，其組織構成并不僅僅以白蓮教為主，而是以金鐘罩（大刀會）、義和拳（梅花拳）、神拳、紅拳等為核心。這些拳會在十八世紀末即已成為秘密教門羽翼。至1899年華北騷亂初起，以劉士端為首的大刀會或稱金鐘罩及紅拳會，已與坎卦教、離卦教相融混；趙三多為首的梅花拳改名為義和拳，后又改稱為“神助義和拳”，也與教門相結合；以朱紅燈為首的神拳亦以離卦教為依托，顯然也具有教門特征。他們不是一般的拳會，實系分屬或結合于以八卦教為主體而區分為文武場的“拳教”組織。這些拳教組織往往通過揭帖、壇諭、傳言等方式，宣揚民間宗教的所謂“劫變”觀念，宣稱義和拳是順應天意，拯救劫難，有神佛保護的團體，以此作為動員群眾、組織群眾、擴大影響的工具和手段。他們在習拳練武外，兼習法術，舉行各種具有明顯荒誕特征的宗教儀式，渲染各種所謂刀槍不入的超凡超自然本領。盡管這些手段在吸引群眾、鼓舞士氣、提高戰斗力方面起過重要作用，但其非理性色彩自然比較容易受到具有一定文化水準的知識分子質疑，因而他們除了能夠愚弄農村廣大農民外，很少能夠獲得知識分子的認同。

作為廣大農村中下層群眾的自發斗爭，義和拳、大刀會等民間秘密結社不可能產生明確的政治訴求和政治理想。他們之所以堅決反對外國教會，除洋教士、土教民的不法行為、為非作歹激怒了他們外，就信仰層面而言，顯然是西方基督教觀念與中國傳統宗教觀念之間的沖突，是本土文化面對外來強勢文化的壓迫而采取的一種非理性政治動員和政治斗爭。他們充其量不過是中國民間自發的“反西方思潮與勢力”而已，他們要想形成一股真正意義上的反西方思潮與勢力，就必須與官方意志相結合，否則根本不足以影響大局。而官方的反西方思潮與勢力在戊戌新政結束后也確實在萌動。戊戌年的政治變動特別是慈禧太后重新出園訓政，大清王朝在政治上確實走上了一個“變法維新的反動時期”，凡新政中所提出或實行的舉措，幾乎一概廢除。而新政的基本價值趨向是學西方，所以這一政治上的反動便在價值取向上無疑鼓勵、縱容了各種各樣的反西方思潮和勢力，啟發了國內莫名其妙的民族主義情緒。

強烈的排外意識是戊戌后社會各界的基本共識，那時朝野似乎一致厭惡西方反對西方，最上者如慈禧太后，她雖然是近代中國比較早認識西方近代發展實質意義的領導人，但在戊戌后出于最實際利益的考量也使她對西方的看法發生了變化，她不明白她那樣執著地勸說中國人學習西方，西方為什么還那樣與她過不去？大清王朝已明白宣示戊戌年間的政治變動主要是因為康有為、梁啟超等人犯上作亂，而西方諸國根本不相信大清王朝的鄭重宣示，反而聽信康、梁的妖言，鼓勵、支持康、梁等人肆意攻擊詆毀我天朝上國。慈禧太后無論如何不能理解西方社會的價值取向和民意，這是她在戊戌后一下變成了西方文明反對者的根本原因之一。

慈禧太后的變化深刻影響了朝中大臣和一般士紳，曾經參與過新政的那些大臣已在政變后受到相應處分，而現任大臣或原本就不滿意于戊戌年間的政治改革，或因太后態度轉而對西方文明比較反感。他們過去或許一度仰慕贊美過西方文明，但他們實在弄不明白西方何以總是欺負這個中國學生，總是跟中國過不去。他們感到西方人和西方國家之所以支持中國政治變革，可能與他們的總體陰謀有關，那就是防止中國真的強大，阻止中國發展，乃至徹底搞垮中國，進而將中國淪為他們的殖民地。

正是基于這樣一種很復雜的心理，所以當一些朝中大臣發現義和拳也具有反西方的傾向時，自然顯得很親近，一改大清王朝對民間秘密結社素來鎮壓的嚴厲姿態，采取容忍或視而不見，聽任這些秘密結社做大。對于官方反西方的思想動向，這些秘密結社從自身處境中很容易感受出來。知恩圖報是中國人的傳統，于是在清政府的容忍默許下，逐漸做大的秘密結社投桃報李，適時提出“扶清滅洋”的政治口號。庚子前中國的兩股反西方思潮和勢力終于走到一起了，義和拳、大刀會以及其他一些神拳組織很快便被“運動”到那個后來叫做“義和團”的組織中去了。