1902年，慈禧太后又下令放開滿漢通婚的禁令，隨后對(duì)漢人開放了原先只能由滿人擔(dān)任的職位如將軍和都統(tǒng)等。隨后，清廷又下令廢除旗人不事生產(chǎn)的特權(quán)，授予旗丁土地，責(zé)令耕種，讓普通旗人們自謀生計(jì)。不過，話說回來，雖然滿人入關(guān)后八旗在各地駐防，世代為兵，并享受國(guó)家供養(yǎng)和免稅等特權(quán)，但兩百多年下來，一般的旗人(大多數(shù)人連滿語(yǔ)都不會(huì)說，和漢人已無(wú)區(qū)別)早已窮困不堪，因?yàn)楫?dāng)時(shí)清政府給滿人的供給極為微薄，卻不能從事他業(yè)，能養(yǎng)家糊口已屬不易，甚至連普通漢人都不如。

清朝建立以后，其中央權(quán)力機(jī)構(gòu)沿用的是明朝的內(nèi)閣加六部制度。所謂六部，指的是中國(guó)傳統(tǒng)的吏部、戶部、禮部、兵部、刑部和工部。雍正即位以后，用軍機(jī)處架空了內(nèi)閣，變成軍機(jī)處加六部的結(jié)構(gòu)。進(jìn)入近代社會(huì)后，清廷為了適應(yīng)新形勢(shì)的需要，在傳統(tǒng)的六部之外特設(shè)立一個(gè)新部門，即“總理各國(guó)事務(wù)衙門”，也就是人們常說的總理衙門?？偫硌瞄T是專門和外國(guó)人打交道的外交機(jī)構(gòu)，但后來其功能越來越廣泛，包括洋務(wù)運(yùn)動(dòng)的興辦實(shí)業(yè)、派遣留學(xué)生等，都在它的管轄范圍之內(nèi)。庚子年后簽訂的《辛丑條約》更是大大提升了總理衙門的地位，清廷在外國(guó)人的要求之下，將總理衙門改名為外務(wù)部，并列于六部之首。在當(dāng)時(shí)，估計(jì)就再?zèng)]有比和洋人打交道更重要的事情了。

新成立的外務(wù)部還有一大創(chuàng)新，那就是部中不分滿漢，領(lǐng)導(dǎo)職位只設(shè)立一尚書兩侍郎，打破了原先六部中設(shè)置滿漢尚書和侍郎各一名的制度。這一舉措，等于是打破清朝沿襲了近兩百多年的祖制，而外務(wù)部的變化，實(shí)際上也是后來的機(jī)構(gòu)改革之先聲。為了適應(yīng)新政的要求，慈禧太后順應(yīng)大臣們的請(qǐng)求，開始在傳統(tǒng)六部外設(shè)立新的領(lǐng)導(dǎo)機(jī)構(gòu)。1903年9月，為了振興商務(wù)、發(fā)展實(shí)業(yè)，清廷成立了一個(gè)新的商部，其職能不僅僅局限于商業(yè)，還包括實(shí)業(yè)(工業(yè))和農(nóng)業(yè)。后來，商部又將老的工部吸收合并，新成立的部門稱為農(nóng)工商部，成為一個(gè)負(fù)責(zé)全國(guó)經(jīng)濟(jì)發(fā)展的中央部門。與此相對(duì)應(yīng)，地方上也紛紛成立了農(nóng)工商局，作為地方上的經(jīng)濟(jì)管理機(jī)構(gòu)。

在一個(gè)長(zhǎng)期奉行農(nóng)本商末為基本國(guó)策的國(guó)度里，從事商業(yè)和實(shí)業(yè)的人即使富有四海，也一向被那些羞于談利的士人們所蔑視，但這次不一樣了，當(dāng)時(shí)農(nóng)工商部的地位僅次于外務(wù)部，足見朝廷的重視程度。清廷公開倡導(dǎo)并獎(jiǎng)掖實(shí)業(yè)，這在中國(guó)歷史上是破天荒的第一次，就連那些朝廷大員們也不再羞于談及商業(yè)和利益，都與時(shí)俱進(jìn)了。鑒于舊式軍隊(duì)毫無(wú)用處，清廷在商部成立后的次月又設(shè)立了一個(gè)新部門，這就是主管全國(guó)編練新軍的練兵處。后來在清廷的中央官制改革中，兵部更名為陸軍部(海軍部另設(shè))，練兵處也被歸并其中。緊接著，清廷又成立了財(cái)政處，作為中央財(cái)政管理機(jī)構(gòu)，在中央官制改革前，財(cái)政處主要負(fù)責(zé)清查各地財(cái)政收入;中央官制改革后，財(cái)政處與戶部合并，成立一個(gè)新的部門，即度支部(相當(dāng)于現(xiàn)在的財(cái)政部)。

1905年10月，清廷又決定成立巡警部(后改名民政部，相當(dāng)于現(xiàn)在的公安部)，以管理全國(guó)的警察并負(fù)責(zé)各地的治安，取代原先的地方保甲制度。同年12月，由于科舉制度被廢除，為了適應(yīng)新教育體系的要求，清廷又成立了學(xué)部(相當(dāng)于現(xiàn)在的教育部)，并將原先的國(guó)子監(jiān)吸收合并。為了法制交通和通訊，后來清廷又設(shè)立了郵傳部。經(jīng)過這些變化后，原先的六部制已經(jīng)是支離破碎，這也為后來的中央官制改革提供了契機(jī)。1906年11月，清廷進(jìn)行中央官制改革，除內(nèi)閣和軍機(jī)處仍舊不變外，新設(shè)立或改名稱的有11個(gè)機(jī)構(gòu)，即外務(wù)部、學(xué)部、民政部、度支部、陸軍部、法部、農(nóng)工商部、郵傳部、海軍部、軍咨府、資政院、審計(jì)院，新政時(shí)期的機(jī)構(gòu)調(diào)整規(guī)模可謂前所未有。至此，隋唐以來的傳統(tǒng)六部建置便不復(fù)存在，在這些機(jī)構(gòu)里，清廷廢除原先的滿漢尚書雙人負(fù)責(zé)制，而實(shí)行單一的領(lǐng)導(dǎo)制，革除“數(shù)人共一職”的低效管理方法。此時(shí)的清政府可謂是半新半舊，看起來雖然還有些別扭，有點(diǎn)但終究邁出了走向近代社會(huì)的重要一步。

除了設(shè)立新機(jī)構(gòu)外，慈禧太后又下決心將一些有名無(wú)實(shí)、不適應(yīng)時(shí)代發(fā)展要求的舊衙門加以裁撤或者歸并。首先被裁撤的是《江楚會(huì)奏變法三折》中提到的漕運(yùn)屯田衛(wèi)所。屯田和衛(wèi)所本是為漕運(yùn)而設(shè)立，但當(dāng)時(shí)漕運(yùn)早已是有名無(wú)實(shí)，屯衛(wèi)反成為一大弊政。同時(shí)被裁撤的還有河?xùn)|河道總督，這個(gè)機(jī)構(gòu)本是為治理黃河而設(shè)，但收效甚微，而每年靡費(fèi)無(wú)數(shù)，其被裁撤后，由河南巡撫兼管相應(yīng)事務(wù)。1902年3月，清廷又將一些閑衙分別裁并，如管理太子事務(wù)的詹事府(清朝最后三個(gè)皇帝都沒有子女，哪來的太子？！)，被裁并入翰林院;通政司直接被裁撤;太常寺、光祿寺和鴻臚寺被并入禮部，太仆寺被并入陸軍部。

隨后，清廷對(duì)各級(jí)衙門進(jìn)行整頓，裁汰書吏和差役，簡(jiǎn)化各級(jí)衙門的公文形式和辦事程序，改陋規(guī)為公費(fèi)等。由于制度的缺陷，書吏和差役在清朝的待遇極薄，如果按名義上的待遇的話，這些人根本就不可能養(yǎng)家糊口。也許是出于這個(gè)原因，書吏和差役往往在衙門里“舞文弄法，朋比為奸”，而那些科舉出身的官長(zhǎng)大都不懂實(shí)務(wù)，“奉吏為師”，往往被這些人搬弄，在地方上為害甚大。新政時(shí)期，朝廷嚴(yán)令各級(jí)官長(zhǎng)親理政務(wù)，裁撤那些擾民害民的書吏和差役，以期提高辦事的效率。在清末新政全面鋪開的同時(shí)，對(duì)不合時(shí)代的舊法制進(jìn)行改革也成為一項(xiàng)緊迫的任務(wù)。大清帝國(guó)當(dāng)時(shí)實(shí)行的是三權(quán)合一的傳統(tǒng)專制體制，加上外國(guó)人借口中國(guó)的法律嚴(yán)酷而在租界內(nèi)行使領(lǐng)事裁判權(quán)，拒不遵守中國(guó)法律。為了廢除洋人的治外法權(quán)，1902年5月，清廷任命沈家本和伍廷芳為修訂法律大臣，命他們“按照交涉情形，參酌各國(guó)法律，悉心考訂，妥為擬議，務(wù)期中外通行，有裨治理”。由此，沈家本和伍廷芳經(jīng)過兩年的籌備，成立了修訂法律館，開始了對(duì)中國(guó)歷史有重大影響的修律活動(dòng)。

沈家本和伍廷芳在修訂法律的時(shí)候，第一件事便是將中國(guó)傳統(tǒng)的“刑法為主、諸法合體”的結(jié)構(gòu)打破(如當(dāng)時(shí)的基本法《大清律例》)，先區(qū)分出實(shí)體法和程序法(訴訟法)，然后在實(shí)體法中再細(xì)分出刑法、民法、商法等專門的法律部門。換句話說，也就是使中國(guó)“諸法合體”的傳統(tǒng)法律向“諸法分立”的體系轉(zhuǎn)變，為中國(guó)法律的現(xiàn)代化奠定了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。但是，在法制改革的進(jìn)程當(dāng)中遇到了很大的阻力，特別在推行司法行政機(jī)構(gòu)改革的時(shí)候。原來，中國(guó)傳統(tǒng)的地方官是行政權(quán)和司法權(quán)不分的，而新的法制改革則是要推行西方法律體系中的司法獨(dú)立原則，另設(shè)獨(dú)立的審判體系，這讓地方督撫覺得自己的權(quán)力被部分剝奪。就連主張行政的張之洞都對(duì)此不理解，說“督撫但司檢察，不司審判”后，“則以后州縣不親獄訟，疆臣不問刑名”，那些地方官的權(quán)力(及由此帶來的油水)豈不是少了老大一塊？

阻力雖大，但法制改革依舊要向前推進(jìn)。在中央司法機(jī)構(gòu)改革中，刑部改名為法部，大理寺改為大理院。改革后的大理院相當(dāng)于最高法院，“與(法部)行政官相對(duì)峙而不為其節(jié)制”。隨后，在地方司法機(jī)構(gòu)改革中，也在各省各級(jí)普遍設(shè)立高等審判廳、地方審判廳和初級(jí)審判庭以行使審判權(quán)，而以原先的按察司改為提法司，負(fù)責(zé)司法行政和監(jiān)督，以實(shí)現(xiàn)地方上的司法獨(dú)立。在法制提倡文明的同時(shí)，社會(huì)生活領(lǐng)域也出現(xiàn)了很多變革。其中，引進(jìn)西方的警察制度頗為成功。清朝原本實(shí)行傳統(tǒng)的保甲制度，另外，綠營(yíng)和地方團(tuán)練也承擔(dān)部分的社會(huì)治安職責(zé)。但總的來說，都不夠?qū)I(yè)，效率也不高。1902年，袁世凱在直隸試辦警察制度初有成效，于是朝廷命各地以直隸為模板，加以推廣。

當(dāng)時(shí)的一些生活陋習(xí)也受到新政的調(diào)整，其中包括纏足和吸食鴉片。纏足是中國(guó)歷史上最為丑陋和殘忍的制度，居然沿襲千年，也是令人匪夷所思。對(duì)此，很多西方傳教士和維新派人士都對(duì)此極為反對(duì)，但一直到1902年，慈禧太后首次以朝廷名義發(fā)出上諭，勸戒纏足。由于清廷的公開提倡，晚清社會(huì)的“不纏足”運(yùn)動(dòng)蓬勃發(fā)展，這才使得那些飽受纏足戕害的女性同胞得以解放。鴉片戰(zhàn)爭(zhēng)以后，在西方列強(qiáng)的武力威脅下，鴉片貿(mào)易得以合法化，這不但卷走了中國(guó)巨額的財(cái)富(鴉片貿(mào)易是十九世紀(jì)最大的單宗貿(mào)易)，而且讓中國(guó)人的身心受到嚴(yán)重的摧殘。1906年，清廷在發(fā)布禁煙上諭的同時(shí)，派出使臣與英國(guó)交涉禁止輸入鴉片事宜。1909年，上海召開了萬(wàn)國(guó)禁煙會(huì)，中國(guó)的禁煙運(yùn)動(dòng)得到了國(guó)際輿論的普遍同情，在這種情況下，英國(guó)答應(yīng)逐步消減鴉片輸入中國(guó)，直到1917年徹底禁絕。

1902年，慈禧太后又下令放開滿漢通婚的禁令，隨后對(duì)漢人開放了原先只能由滿人擔(dān)任的職位如將軍和都統(tǒng)等。隨后，清廷又下令廢除旗人不事生產(chǎn)的特權(quán)，授予旗丁土地，責(zé)令耕種，讓普通旗人們自謀生計(jì)。不過，話說回來，雖然滿人入關(guān)后八旗在各地駐防，世代為兵，并享受國(guó)家供養(yǎng)和免稅等特權(quán)，但兩百多年下來，一般的旗人(大多數(shù)人連滿語(yǔ)都不會(huì)說，和漢人已無(wú)區(qū)別)早已窮困不堪，因?yàn)楫?dāng)時(shí)清政府給滿人的供給極為微薄，卻不能從事他業(yè)，能養(yǎng)家糊口已屬不易，甚至連普通漢人都不如。慈禧太后此舉，表面上是要取消滿人的特權(quán)、調(diào)和滿漢矛盾，其實(shí)也有甩掉包袱之嫌。