雍正四年(1726年)，云貴總督鄂爾泰數(shù)次上書，全面闡述改土歸流的必要，奏請(qǐng)立即推行。他建議對(duì)不法土司用計(jì)擒為上，以兵剿為次;使其自動(dòng)投獻(xiàn)為上，勒令納土為次;既要用兵，又不專恃用兵。以武力相震懾，力爭(zhēng)以政治手段解決。他要求調(diào)整云﹑貴﹑川等省邊境的不合理的行政區(qū)劃，以便統(tǒng)一事權(quán)，使地方官相機(jī)行事。雍正帝對(duì)此甚為贊賞，令其悉心辦理。

同年五月，首先平定貴州長(zhǎng)寨土司的叛亂，設(shè)立長(zhǎng)寨廳(今貴州長(zhǎng)順)。不久，清廷將原隸屬四川的烏蒙﹑鎮(zhèn)雄﹑東川三土府劃歸云南。鄂爾泰派游擊哈元生領(lǐng)兵摧毀了叛亂的烏蒙土知府祿萬鍾﹑鎮(zhèn)雄土知府隴慶侯的勢(shì)力，改設(shè)烏蒙府(后改稱昭通府，今云南昭通)﹑鎮(zhèn)雄州。

云貴改土歸流的巨大聲勢(shì)，很快沖擊到廣西地區(qū)。五年，清廷以威懾力量革去泗城土知府岑映宸的職務(wù)，在其屬南盤江以北地區(qū)設(shè)置永豐州(今貴州貞豐布依族苗族自治縣)，劃歸貴州統(tǒng)轄。

雍正帝為使云貴廣西的改土歸流事務(wù)得以統(tǒng)一籌劃，特于雍正六年(1728年)底任命鄂爾泰為云﹑貴﹑廣西三省總督。同年，命貴州按察使張廣泗在黔東南推行改土歸流政策。張廣泗帶兵深入黎平府古州(今貴州榕江)﹑都勻府丹江(今貴州雷山)苗﹑侗等族村寨，設(shè)廳，置同知，理民事。與云貴廣西接界的湖南﹑湖北﹑四川等省的土司，本來就靠近內(nèi)地，勢(shì)力有限，在形勢(shì)壓力下，紛紛請(qǐng)求交出世襲領(lǐng)地及土司印信，歸政中央。于是在各該省長(zhǎng)吏經(jīng)營(yíng)下改設(shè)村縣。

在廢除土司世襲制度時(shí)，對(duì)土司本人，根據(jù)他們的態(tài)度給以不同的處理。對(duì)自動(dòng)交印者，酌加賞賜，或予世職，或給現(xiàn)任武職。對(duì)抗拒者加以懲處，沒收財(cái)產(chǎn)，并將其遷徙到上述六省以外的內(nèi)地省份，另給田房安排生活。在設(shè)立府縣的同時(shí)，添設(shè)軍事機(jī)構(gòu)，如云南增設(shè)烏蒙鎮(zhèn)﹑昭通雄威鎮(zhèn)﹑普洱元威鎮(zhèn)，貴州增加古州鎮(zhèn)﹑臺(tái)拱鎮(zhèn)，廣西另設(shè)右江鎮(zhèn)，湖廣添永順協(xié)﹑永綏協(xié)等。清政府在改土歸流地區(qū)，清查戶口，丈量土地，征收賦稅，建城池﹑設(shè)學(xué)校，原來土司只交納很少的貢賦，而將殘酷掠奪屬民所得的大量銀兩盡收于己。改土歸流后，變革賦役方法，廢除原來土司的征收制度，與內(nèi)地一樣，按地畝征稅，數(shù)額一般少于內(nèi)地。土民所受的剝削稍有減輕。改土歸流的地區(qū)，包括滇﹑黔﹑桂﹑川﹑湘﹑鄂六省，其中貴州省改土歸流的地區(qū)之廣，大約相當(dāng)于原設(shè)府縣的面積。改土歸流所涉及的民族很多，有壯族、彝族﹑苗族﹑哈尼族、布依族﹑侗族﹑瑤族﹑水族等。