乾隆二十四年(1759年)平定回部大小和卓叛亂之后，為了緩和民族矛盾，清政府實行輕徭薄賦的政策，使當地“回民”(維吾爾族)得以休養生息。然而，隨著時間的流逝，清政府派駐新疆地區的各級官吏貪婪腐敗的本性惡性發展。嘉慶時，他們與當地維吾爾族官吏(伯克)狼狽為奸，“斂派回戶，日增月甚”，除銅錢外，“又土產、氈裘、金玉、緞布賦外之賦，需索稱是，皆章京、伯克分肥，而以十之二奉辦事大臣”，致使回民和其他少數民族怨聲載道。

此后，回民反抗事件不斷發生。與此同時，早已將勢力伸入西亞地區的英國殖民者，別有用心地在浩罕(在今烏茲別克斯坦境內)等國培養了一批外逃的和卓后裔，利用他們與清政府相對抗。張格爾即是其中之一。

張格爾是乾隆年間維吾爾族統治者大和布拉呢敦之孫。布拉呢敦被誅后，其子薩木克逃至浩罕，生有三子，次子即張格爾。張格爾野心勃勃，時刻夢想在南疆恢復和卓家族的統治，為此“以誦經祈福傳食部落”，籠絡和愚弄維吾爾族人民。

嘉慶二十五年(1820年)秋，張格爾利用南疆維吾爾族人民對參贊大臣斌靜的荒淫貪暴和殘酷壓迫極為不滿之機，率數百名叛軍潛入南疆，勾結維吾爾族上層人士比蘇蘭奇，向清軍發起進攻，失敗后慌忙逃往浩罕。道光四年(1824年)秋、五年夏，張格爾屢以小股襲擾近邊，而清軍屢捕不獲。五年九月，清領隊大臣色彥圖率兵200人出塞巡邏，未遇張格爾叛兵，回師途中，縱兵濫殺無辜的布魯特部婦孺100余人，激起義憤。

該部頭目率部追殺，將色彥圖等圍殲在一座山谷里。道光帝得知后，感到邊事日緊。一面迅速調兵遣將，加強清軍的防御力量，一面告誡伊犁將軍慶祥：“現在張格爾竄逃未獲，難保不乘間窺伺”。他令慶祥加強警惕，密切注視張格爾的行蹤，隨時做好平叛準備。

道光六年六月，張格爾糾集安集延(今烏茲別克斯坦安集延)、布魯特(柯爾克孜)500余人，由開齊山路闖入新疆，進至距喀什噶爾(今喀什)數十里的阿爾圖什(今阿圖什)，以祭祀祖墓為名，煽動當地民眾反清。新任喀什噶爾參贊大臣慶祥聞知消息，立即派兵進討，消滅叛軍400余人、生擒40余人。但張格爾突圍逃走，喀什噶爾一帶發生叛亂，以致“道路不通，萬分緊急”。

張格爾感到自己的力量不足以同清軍抗衡，便遣使向浩罕求援，以出賣祖國權益為條件，“約破西四城(喀什噶爾、英吉沙爾、葉爾羌、和闐)，子女玉帛共之，且割喀什噶爾酬其勞”。浩罕統治者穆罕默德·阿里汗利欲熏心，親率萬人進攻喀什噶爾，遭到清軍的頑強抵抗。

后因與張格爾發生矛盾，恐腹背受敵，率軍退走，但有二三干浩罕兵被張格爾誘留，并被置為親兵。七月底至八月中旬，張格爾叛軍先后攻占了和闐(今和田)和英吉沙爾(今英吉沙)二城，接著全力進攻喀什噶爾城。守軍在慶祥的指揮下，英勇作戰，頑強抵抗了兩個多月。

終因援絕力竭，喀什噶爾于八月二十日被叛軍攻破，慶祥自縊身亡。不久，葉爾羌(今莎車)也落入敵手。張格爾得意忘形，竟在喀什噶爾“自稱賽義德·張格爾·蘇丹，宣布為當地的統治者”，隨即在南疆實行極其野蠻的統治，其暴虐甚于從前的和卓千百倍。不久，廣大維吾爾族人民認清了張格爾的嘴臉，轉而支持清軍，有的還積極參加了以后的平叛戰爭。

二、清廷的平叛部署與措施

張格爾叛亂的消息傳到北京，道光帝意識到如不迅速平定叛亂，勢必危及清皇朝在新疆的統治，因而立即進行平叛部署，并在隨后開始的平叛戰爭中，采取了一系列有力的措施，其中主要有：第一，在軍事上，迅速調兵遣將，以期厚集兵力，一鼓平定叛亂。道光帝最初任命能征善戰的署陜甘總督楊遇春為欽差大臣，令其統領萬余大軍，前赴新疆籌辦剿捕事宜。不久，又以伊犁將軍長齡為揚威將軍，楊遇春和山東巡撫武隆阿為參贊大臣，并調派吉林、黑龍江、四川三省清兵，總兵力達3.7萬余人。

道光帝認為，阿克蘇為“回疆適中要路”，再三叮囑長齡、楊遇春等人，清軍先頭部隊在此地暫時屯駐，養精蓄銳，待后續部隊到達，再會合前進，“務期厚集兵力，一鼓掃除，以彰天討”。他還再三告誡將士，“勇往之中，寓慎重之意”，“不可冒昧輕進，致墮賊人奸計”。

大軍出發后，道光帝又提醒長齡、楊遇春等人，注意嚴防后路，廓清臺站，以免腹背受敵。為了保證平叛戰爭的順利進行，清廷還制定了獎懲和嚴守軍紀的條例，規定“一切軍情，無論滿漢官兵，總當視為一體，秉公持正，微功不掩，小過亦懲，俾令眾志成城，同心敵愾”，以充分調動清軍將士平叛的積極性。

第二，政治上懲辦貪橫不法官員，并向回城居民宣示恩威，實行嚴格的區別對待政策。道光帝在出兵平叛的同時，尋思回部“久已習為恭順，何致遽思變亂”？最后得出“總由近十余年來，歷任參贊、辦事大臣等貪淫暴虐”的結論，并令長齡對此“細加察訪”。不久，他根據長齡的奏報，將民憤極大的原喀什噶爾參贊大臣斌靜等人定為斬監候，從而在一定程度上緩和了民族矛盾。

另外，道光帝還多次渝令長齡、楊遇春等人，行軍途中廣張告示，宣示朝廷恩威，并對叛亂者根據不同情況予以區別對待：對“甘心助逆”而又“執迷不悟，抗拒大兵”者決不寬貸，而“被脅附合之眾，果能解甲迎降，投誠乞命，皆可量于寬貸，乃令各復舊業”，以最大限度地孤立張格爾為首的叛亂者。

第三，后勤供應上，竭力保證糧餉和其他軍用物資的源源接濟。道光帝在調兵平叛的同時，命令戶部籌集軍火糧餉及一切經費，使之“源源接濟，兵精糧足”。為了使這一思想落在實處，先后采取了如下得力措施：先命陜西巡撫鄂山署理陜甘總督，辦理軍需糧餉馱載等項事宜。

接著，又把熟諳陜甘事務的前任陜西巡撫盧坤派駐甘肅肅州(今酒泉)，督辦一切軍需糧餉，并命鄂山駐扎蘭州，調度策應，遇事與盧坤“和衷商榷，督飭委員及地方官迅速轉運，源源接濟，毋得短絀遲誤”。隨后，又派辦理糧餉頗有經驗的大臣恒敬駐哈密，以確保關內外糧餉的轉輸順暢。

當大軍集結于阿克蘇時，道光帝鑒于烏魯木齊屯糧數額原本不少，將此地之糧運往阿克蘇，較之由內地轉輸，路途幾近過半，毅然決定以烏魯木齊為后路糧臺，令大臣英惠總辦其事。這就更好地解除了參戰部隊的后顧之憂，保證了平叛戰爭的需要。