林遵將艦隊分為兩組，由副手姚汝鈺和參謀張軍然率領“永興號”和“中建號”兩艘軍艦先去收復距榆林較近的西沙九島，自己則率領“太平號”和“中業(yè)號”等待時機一舉收復南沙。

姚汝鈺和張軍然率領“永興號”和“中建號”于11月24日凌晨抵達西沙海域。“永興號”在西沙最大的島嶼——“貓峙”外一千米處拋錨，用舢板將大量物資運上“貓峙”，并在島上進行修建工作，還建起了水泥主權碑，并將“貓峙”改名為“永興島”。隨后，艦隊又巡航了“半路峙”，將其改名為“中建島”，留下一批官兵長期守島。

12月9日，林遵率領“太平號”、“中業(yè)號”兩艘軍艦出發(fā)，于12日抵達南沙海域。上午10時，林遵的艦隊發(fā)現了南沙最大的島嶼——“黃山馬峙”，島上還有日本人留下的碉堡和紀念碑。士兵們登上“黃山馬峙”，將日本的紀念碑摧毀，并完成了修建任務，最后將“黃山馬峙”改名為“太平島”。艦隊在太平島留下59名官兵組成“南沙群島管理處”，隸屬廣東省管轄。艦隊隨后又巡航了南沙第二島嶼——“鐵峙”，并將其改名為“中業(yè)島”。

1947年元旦，“太平號”、“永興號”停泊在廣州白鵝潭江面，舉行了收復南沙、西沙群島記者招待會。同年6月11日至15日，西沙、南沙群島物產展覽會在廣州文獻館舉辦，公開展出各種實物、標本、照片、圖表以及歷史文物等珍貴資料，參觀者30萬人次。然而，由于海上力量薄弱，再加上國民黨很快開始忙于內戰(zhàn)，南沙各島礁不久又處于“權力真空”狀態(tài)。

1949年，“南海功臣”林遵率領手下艦隊在南京主動歸順解放軍。1950年，解放軍向海南島發(fā)動進攻，國民黨軍隊從海南撤退的同時，將駐扎在太平島上的人員也都撤到了臺灣島。

控制太平島

1956年，菲律賓冒險家兼商人托馬斯·柯羅馬率人突然占領中業(yè)島，此事對蔣介石刺激不小。從1956年6月2日到10月5日，臺灣先后派出部隊3次偵巡南沙群島。在這一系列巡航中，臺灣海軍的“太和”、“太平倉”、“太康”、“永順”等軍艦先后經過南子島、北子島、中業(yè)島、南鑰島、鴻庥島等島礁，并在南威島和西月島上豎立石碑。可惜上述島礁如今都被菲律賓和越南強占。

3次巡航結束后，臺當局將一支海軍陸戰(zhàn)隊常駐于太平島上，并重點經營這座南沙群島中最大的島嶼。