據說桓玄出生時，有光照亮房間，占卜者都感到奇異，故得桓玄小名靈寶。

《異苑》則記載說桓玄出生時光芒滿室，有個善于占卜的人說：“此兒生有奇耀，宜目為天人。”并取名為“神靈寶”。桓溫嫌他取的名字有三字，便減去“神”一字，名曰“靈寶”。

史學家周一良認為，桓玄的名字有“道”、“靈寶”等字眼，是桓氏其信奉天師道的標志。

忿而殺鵝

桓玄小時，與一眾堂兄弟斗鵝，但桓玄的鵝總是不及堂兄弟強，十分不忿。于是有一晚到鵝欄殺死了堂兄弟們的鵝。天亮后家人都驚駭不已，以為發生了怪事，向桓沖報告。桓沖心知是桓玄作的，一問，果然如此。

地不能載

桓玄稱帝后入宮，坐上床上，突然床破爛了，眾人見此皆失色，殷仲文奉承說：“陛下您圣德深厚，大地也不能承受了。”這話令桓玄十分高興。

下筆成章

桓玄擅寫文章，可從其事跡中看到。王恭死后，桓玄曾登江陵城南樓，說：“我現在想為王孝伯作悼詞。”吟嘯良久后就下筆，很快就寫好了。

桓玄消滅殷仲堪、楊佺期后，荊州刺史府、江州刺史府、后將軍府、七州都督府、南郡公府皆來賀，五個版牘一同進入，桓玄見版至使即答，皆美而成章，并不揉雜。

喜好裝飾

桓玄喜好裝飾和書畫，在擊敗司馬元顯后，桓玄遷鎮姑孰，就大筑城內官府，建筑物和假山水池等都十分壯麗。另又曾以輕舟載著他的書畫、服飾和玩物，有人因而勸諫他，桓玄竟說這些東西應該隨身，而且稱當時兵兇戰危，若發生問題就可以很快運走。眾人聽后都笑他。

不設寒具

桓玄喜歡收藏書畫，也特別珍惜書畫。每當有客人來訪時，他就出示自己收藏的書畫給他們炫耀。有客人吃了桓玄招待他們的寒具后，沒洗手就觸摸這些書畫，使書畫沾了油汁。桓玄很不高興，此后會客再也不設寒具。后人遂以“桓玄寒具油”的典故代指觀賞書畫。

好為己功

桓玄因劉裕討伐而西走江陵時，就于道上作《起居注》，內容都是他抵抗劉裕義軍的事，自稱自己指揮各軍，算無遺策，只因諸將違反其節度才兵敗，是非戰之罪。由于桓玄專心寫《起居注》，所以都沒閑暇時間和群下商議對策。寫成后桓玄就將《起居注》宣示遠近。

尊不及祖

桓玄尊崇其父桓溫，故在篡位稱帝后就追尊桓溫為“宣武皇帝”，太廟都只供奉他，卻沒有追尊祖父桓彝或以上的祖宗。

故及至桓玄遭受劉裕義軍來勢洶洶的進攻時，曹靖之稱其令晉室神主流離飄泊以及追尊不及祖父觸怒神明，令桓玄很是恐懼忿怨。

史學家田余慶考證認為，桓玄的祖上很可能就是三國時被司馬懿誅三族的桓范，其漏網之子孫桓楷、桓顥等到風頭過后，才出仕晉朝，“桓玄代晉之后，亦不愿揭示桓氏家族歷史的真象，仍然諱莫如深”，所以才尊不及祖。

王朝讖言

據說，元興年間衡陽有母雞變成雄雞，八十日后雞冠卻萎縮了。后來桓玄建立楚國，衡陽郡亦在十郡以內，而自桓玄即位至敗走建康，也大約是八十日。當時亦有童謠：“長干巷，巷長干，今年殺郎君，后年斬諸桓。”郎君即司馬元顯，司馬元顯于元興元年(402年)被殺，桓氏則于元興三年(404年)因桓玄敗死而遭誅殺。