就在明朝復興形勢一片大好之際，南明朝廷的內訌又開始了。鄭彩想架空朱以海，進而取得實際大權。順治五年(1648年)，鄭彩無緣無故擊殺大學士熊汝霖，義興侯鄭遵謙十分不滿，鄭彩又命人逼迫鄭遵謙投海而死。朱以海得知后大怒，指責鄭彩說：“殺忠臣以斷股肱，我活著還有什么用？”說罷就要跳河，左右侍臣和鄭彩趕忙勸阻，最終殺了鄭彩手下十余人了事。

接著，不甘心成為傀儡的朱以海任命兵部尚書錢肅樂接任大學士，負責朝政票擬，不料，鄭彩多次欺壓錢肅樂，導致錢肅樂嘔血而亡。清朝派精銳滿洲軍南下福建，配合浙閩總督陳錦轄下的漢軍反攻。此時，鄭彩的排斥異己使魯監國軍隊戰斗力大減，在泉州和漳州一帶活動的鄭成功也以尊奉死去的朱聿鍵為名，拒絕接受朱以海號令。這種情況下，先前攻取的福建建寧、福安、羅源、寧德、政安和浙江景寧、慶元、云和、松陽等州縣又被清軍奪去。

順治六年(1649年)正月，朱以海只好移駐福建和浙江兩省交界的沙埕，幾個月后，張名振攻取健跳所，將朱以海迎到健跳所居住。這段時間，權臣鄭彩同鄭成功發生火并，被鄭成功擊敗，不得已上表求救，朱以海對他斷送大明中興的大好機會極為痛恨，乘機收編鄭彩余部。

立足舟山“隆中對”中的第一步收復福建未能成功，張名振修改了計劃，他建議朱以海收取被黃斌卿割據的舟山群島，再連結日本、朝鮮等國，漸圖恢復。此刻，朱以海駐蹕于健跳所，健跳所只是浙江臨海縣一個瀕海的小地方，難以立足，朱以海和他的大臣們實際上經常住在船上，以防清軍來襲。順治六年(1649年)九月，張名振派兵襲殺黃斌卿，管了黃斌卿軍。朱以海到達舟山后，下令禮葬黃斌卿，恩養他的家屬，對黃斌卿舊部加以安撫，并且給予賞賜。舟山群島局勢得到穩定，朱以海奮戰數年，終于有了一個復興基地。

在舟山站穩腳跟后，朱以海重新整頓朝綱，他派遣使者敦請原隆武朝吏部尚書張肯堂出山擔任大學士，又對各級官員進行了合理調配朱以海在戰略上轉變為經略浙江，同寧波府四明山寨的王翊、王江、馮京第等義師遙相呼應，預想清軍一旦勢弱，就反攻大陸。此外，他還一度遣使前往日本尋求援助。

寓居金門順治八年(1651年)八月，清朝總督陳錦等率兵攻舟山。九月初二城陷，朱以海又在張名振、張煌言陪同下，赴廈門依靠鄭成功。鄭成功原為隆武政權的堅決支持者，不滿朱以海大敵當前還與隆武帝自相殘殺，削弱了抗清的力量，但念朱以海是明朝宗室，還是以禮相待，安排他居住于金門。順治九年(1652年)，由于鄭成功與朱以海之間有所沖突，朱以海便自去監國稱號，由舊臣王忠孝、沈佺期等人照顧;之間朱以海一度移居南澳，不久又回金門。順治十八年(1661年)，朱由榔在云南遇害后，張煌言一度上書朱以海，要求朱以海“爭取閩海勛鎮，速正大號，以求正統”，但是由于鄭成功與鄭經的不支持而未成。鄭成功死后，朱以海一度無人供奉。康熙元年(1662年)十一月十三日，朱以海在金門被活活餓死，結束了他坎坷的一生。康熙六十年(1721年)，臺灣人朱一貴托稱為朱以海裔孫，起兵反清，建元永和，追封魯王謚號侍天制道恭和襄定獻文敬武明德肅仁成皇帝，廟號義宗。