經(jīng)濟方面，東晉莊園經(jīng)濟占據(jù)的比例比西晉更大。由于農(nóng)業(yè)技術(shù)提升等因素，在僑姓世族與吳姓世族密集開發(fā)下，江南獲得全面發(fā)展而繁榮興盛，中國的經(jīng)濟中心也逐漸南移，后來才有大運河的出現(xiàn)。此外，手工業(yè)和商業(yè)方面也有長足進步 。

農(nóng)業(yè)農(nóng)業(yè)農(nóng)業(yè)方面，由于兵事將休，西晉廢除屯田制，將民屯田給予農(nóng)民，實施占田制及蔭客制，并以課田法課稅 。占田制及蔭客制使世族占田有法可依，平民也擁有一定大小的土地，但世族大量并購?fù)恋氐膯栴}并未解決。雖然課田法使地租比曹魏時重一倍，但由于農(nóng)民由賦稅更重的屯田農(nóng)民構(gòu)成，所以負擔(dān)比屯田制稍微減輕 。由于被蔭庇的農(nóng)民只需向蔭庇者交租即可，國家稅收得由其他編民齊戶承擔(dān)，這使更多的農(nóng)民轉(zhuǎn)蔭至大地主名下。最后政府稅收短缺，世族獲得經(jīng)濟特權(quán) 。 東晉時期莊園經(jīng)濟在社會經(jīng)濟中所占的比例比北方更大。早在孫吳時期，江南經(jīng)濟日益開發(fā)。當(dāng)時吳姓世族即擁有眾多的莊園。晉室南遷后，中原人口大量南遷，改善南方地廣人稀的問題。僑姓世族大量開發(fā)無主地，建立方圓數(shù)十里至數(shù)百里的莊園，有效將勞動力組織起來。由于世族壟斷土地，占奪田園山澤，使得貧富差距極大。所以王導(dǎo)曾于晉成帝咸和五年(330年)實施度田收租，以改變西晉時將田租與戶調(diào)合一征收;咸康二年(336年)頒布“壬辰詔書”，禁止占山護澤。這些都意圖減輕百姓負擔(dān) 。當(dāng)時莊園除了有部曲、佃客外，還有門生及奴隸。中原人士帶來北方精耕細作的技術(shù)，推廣牛耕加快耕田速度。東晉南朝重視水利，代有修筑。最后，南方的水田普遍開發(fā)，農(nóng)作物品種增加、生產(chǎn)量提高(如嶺南地區(qū)一年可兩熟)，長久下來使中國的經(jīng)濟中心南移。

手工業(yè)手工業(yè)主要由官府專營，設(shè)置少府及作部。冶煉業(yè)得到了發(fā)展，灌鋼技術(shù)的發(fā)明，把生鐵和熟鐵混雜在一起，工藝簡便，生產(chǎn)效率更高，鋼鐵的品質(zhì)也更好。在熱處里技術(shù)中發(fā)明了油淬，使鑄鐵可鍛化，最后鍛件成為主導(dǎo)地位。紡織業(yè)用麻織成的布，馬鈞改良紡織機，品種及品質(zhì)皆提升。當(dāng)時制紙業(yè)除麻紙外也利用藤做出“藤角紙”。紙張已經(jīng)可作出雪白紙及五色花箋，到南朝完全替代竹簡和絹錦。制瓷業(yè)在制成技術(shù)也有長足的進步，并廣泛在南方地區(qū)擴散。例如浙江就形成越窯、甌窯、婺州窯及德清窯。制茶業(yè)方面，由于晉代士人習(xí)慣飲茶并提倡以茶代酒，使需求提高，種植區(qū)域進展到東南沿海。造船業(yè)歸官府管理，當(dāng)時大船載重達萬斛以上。由于江南水路繁多，所以十分興盛。

商業(yè)商業(yè)方面，晉室南渡后，中原財富大多轉(zhuǎn)移至江南地區(qū)，商業(yè)仍然興盛，最大商業(yè)中心為建康、次為江陵。由于戰(zhàn)亂與銅量不足，鑄錢不足，幣值處于混亂狀態(tài)。貿(mào)易也有發(fā)展，南北互市和海外貿(mào)易主要由官府掌握，私人經(jīng)營商業(yè)的很多，交易的大宗物品是糧食、布帛、魚、鹽等生活用品和一些奢侈品。廣州海上貿(mào)易發(fā)達，進口明珠、翡翠、犀象、香料，出口以絲綢為大宗 。