有人認為是起義軍進入北京后軍心渙散，軍紀敗壞，導致了他們的潰敗。但是，李自成起義軍能夠迅速擴大，并且能得到百姓擁護的根本原因是其軍紀嚴明，早在起義之初，他就提出了“剿兵安民”的口號。并且提出“殺一人者如殺我父，淫一女者如淫我母”，嚴肅軍紀，并且下令“三年不征，一民不殺”。

大順軍在入京之初，便迅速地穩定了局勢，恢復了北京居民的正常生活秩序。趙士錦在大順軍進城時是明工部官員，他根據親眼目睹記載說，大順軍進城之后，鑒于官軍停止了抵抗，立即就“不殺人了”。義軍戰士“俱白帽青衣，御甲負箭，銜枚貫走。”百姓“有行走者，避于道旁，亦不相詰”，絲毫不加侵犯。為了防止敵對活動，義軍“添設門兵，禁人出入;放馬兵入城，街坊衚衕無不至者，但不抄掠。”在數以萬計的入城大軍中，個別違反紀律的現象自所難免，但一當發現違紀事件時，能秉公執法，迅速處理。

趙士錦就記載說：“賊初入城，有兵二人搶前門鋪中綢緞，即磔殺之，以手足釘于前門左柵欄上，予目擊之。”當時在北京充當明給事中涂必泓記室的徐應芬(署名聾道人)，在其著作中雖然提到個別義軍戰士有貪圖便宜暗中竊取銀錢的現象，但他仍然不得不承認：“至淫、奪、斬、殺之事，則猶未見也。

由于大順軍在加強對京師的控制的同時，又注意約束軍紀，因此，當時北京的社會秩序是良好的。當然，李自成起義軍的高層的確存在著腐化墮落的現象，但部隊的戰斗力大多由普通士兵決定，我們也很難說是高層的腐化導致全軍的潰敗。是因為李自成起義軍的軍餉得不到保障，而軍心不穩嗎？李自成大軍在北京通過肅貪追贓搞到了七千萬兩銀子，相當于明朝的十年稅收，這筆軍餉足可支撐他龐大的軍隊。

既然不是軍紀渙散導致的潰敗，那么是什么原因導致了號稱百萬雄兵，又有著雄厚財力保障的起義軍在進京40天后突然間失去了戰斗力―在清軍的攻擊下一觸即潰，兵敗如山倒，而且從此一蹶不振？仔細的研究歷史，或許我們能得出一個驚人的結論，原來李自成并非敗于滿清和吳三桂，而是敗于當時肆虐橫行的鼠疫！鼠疫是鼠疫桿菌借鼠蚤傳播為主的烈性傳染病系廣泛流行于野生嚙齒動物間的一種自然疫源性疾病，也叫做黑死病。臨床上表現為發熱、嚴重毒血癥癥狀淋巴結腫大、肺炎、出血傾向等。本病遠在2000年前即有記載。世界上曾發生三次大流行，第一次發生在公元6世紀，從地中海地區傳入歐洲，死亡近1億人;第二次發生在14世紀，波及歐、亞、非;第三次是18世紀，傳播32個國家。14世紀大流行時波及我國。

按照北京周邊的大興縣志記載，李自成進京前，北京出現了大量死耗子，隨后軍民發病，高燒、四肢無力、脖子腫大，而且患病者十死七八。這是什么病？按現代醫學對照病癥一看，這原來是可怕的鼠疫，大頭瘟或疙疽所描述的其實就是腺鼠疫的典型特征———淋巴腫大。鼠疫于崇禎16年秋出現，17年(公元1644年)春天，天氣轉暖，跳蚤、老鼠開始趨向活躍，大規模的鼠疫自然爆發，鼠疫先“消滅”了崇禎的御林軍，讓李自成輕松進京。然后，鼠疫又感染了進入北京城的李自成大軍，起義軍自然戰斗力大減，當然打不過清兵。最可怕的是，敗兵因此成了鼠疫傳染源，據文獻記載“賊過處皆大疫”。

因此李自成雖然此時財雄天下，可以大規模招兵買馬，但新兵入伍即染鼠疫失去戰斗力，兵力再多也沒用，始終無法抵擋滿清的虎狼之師。由于軍人是集體生活，所以鼠疫流行對古代軍人的打擊是毀滅性的。鼠疫蔓延軍營，且長時間無法擺脫，李自成的精神遭受毀滅性打擊，因此痛失江山并一蹶不振，“無可奈何花落去”。以當時的科技水平，無論是崇禎或是李自成都不可能了解這種可怕傳染病，都不知道自己的精銳部隊已經在短時間內失去了戰斗力。他們的失敗不可避免。

也許有人會問，清軍就不會被鼠疫傳染嗎？科學研究發現，鼠疫傳播過程有一個必不可少的傳播中介—跳蚤。由跳蚤吸咬病鼠或病人的血后，跳蚤被鼠疫桿菌感染而發病。發病的跳蚤吸血困難而十分饑餓。病跳蚤因而不斷叮咬人、鼠并反吐被鼠疫桿菌污染的血。導致更多人、鼠被感染鼠疫。但是，奇怪的是，跳蚤有一個奇怪的習性———它討厭馬的味道。我們在現代傳染病研究的文獻中可以發現鼠蚤的寄生對象沒有馬。所以騎兵很少會被傳染。而清軍八旗兵幾乎全是騎兵。所以清兵能夠在鼠疫流行中幸存，以飽滿精神攻擊對手。翻看歷史，精明能干的努爾哈赤不能戰勝不大過問政事的萬歷皇帝滅掉明朝，而明顯才干不高的順治卻能取代勵精圖治的崇禎與豪情萬丈的李自成入主中原，僅僅因滿蒙騎兵遭跳蚤討厭！真正令人拍案驚奇！