明朝的歷史到了萬歷年間，進入了一個轉折點。

萬歷前10年，張居政專政時期和萬歷親政的頭四年（萬歷11年到14年），朝政比較清明。士大夫的表現也沒有什么可提的。

但從萬歷15年開始，酒色財氣都占了的明神宗開始怠政，開始20多年不理朝政了。而晚明的黨爭也從萬歷中葉開始了。

萬歷后期開始的黨爭特點有三：一是黨同伐異，彼此攻擊，將本黨的好惡變成判斷是非的主要標準，二是對立的兩個派別在分野之后，各自一直保持其基本陣容，直至明亡；三是融合了統治階級內部的各種斗爭。

萬歷時期的黨爭開始就是以所謂的正邪之爭開始的。首先是爭國本，萬歷因為寵愛鄭貴妃，在沒有嫡子的情況下遲遲不立自己的庶長子朱常洛為太子。因此朝臣們力爭，經過15年，神宗最后被迫立朱常洛為太子。

國本之爭的勝利，在士大夫中培植了正氣。隨后的幾次京察（就是京官考察）和楚宗案，都是正邪之間的交手。他們之間的黨爭主要是爭奪首輔和朝中的官員任命。

萬歷四十三年（1615年）五月，有一男子張差，手持木棍，闖進太子朱常洛居住的慈慶宮，擊傷守門太監，太子內侍韓本用聞訊趕到，在前殿逮捕張差。在提審過程中，張差語言顛三倒四，常提到“吃齋討封”等語。刑部提牢主王之寀認為事有蹊蹺，覺得張差決不像瘋癲之人。

東林黨主張繼續追查張差是否真瘋癲，而浙黨為保全鄭貴妃，不主張繼續追查了。但東林的王之寀去利用威逼利誘，套得張差口供。終于知道張差是受鄭貴妃手下兩個太監劉成，龐保指使。張差和兩個太監都被處死，但調查也就此止住。梃擊案，東林黨獲得了勝利。隨后的辛巳京察中，五黨大為得勢，將東林黨人大肆排擠出去。一直到萬歷死前，五黨在朝廷中大占上風。

隨著神宗去世，光宗即位。東林的勢力重新抬頭，因為東林在爭國本和挺擊案中對光宗的幫助很大，所以光宗大力起用東林黨人。但光宗僅僅即位一月，就因為食紅丸而死。

隨著光宗的死，移宮案和紅丸案又給東林黨人提供了表現的機會。

移宮案是在光宗死后的第二天，左光斗，楊璉等人讓既不是光宗正宮，也不是熹宗生母的李選侍移出乾清宮，不準他和熹宗一起居住乾清宮。因為司禮太監王安在東宮時就和李選侍不和，所以在移宮一事上王安也支持東林。《明史》中為了替東林說話，說李選侍和客，魏是一黨，這是不正確的。從當時的情況看，李和客，魏并沒有合作的基礎。在左，楊等大臣在宮外促請，熹宗和王安在宮內催逼下，李選侍被迫移宮。雖然《明史》中說，李選侍不肯移宮是想以擁皇太子以自重，但東林逼李選侍移宮也是擔心會出現武則天垂簾那樣的事情（東林對李選侍在東宮時的為人和所為也有所了解，所以有此擔心）當然最主要的，東林黨是從維護自己集團的利益方面著想的。從當時的情況看，王安和東林在移宮中獲得了勝利。

但從后面的歷史發展來看，東林這些書呆子們輸得很慘，因為光宗的皇后早亡，李選侍移宮后，后宮沒有女主主持。熹宗因為年幼，所以只能依靠乳母客氏，客氏成了皇太后，魏忠賢成了監國。移宮這件事上，東林黨鼠目寸光，只顧眼前的利益為后面自己集團毀滅張本。

移宮后，東林黨人又繼續清算紅丸案。本來光宗的死因從現有史料看，也很難斷定就是因為紅丸致命，但刑部主事王之采更直指光宗之死與鄭氏、光宗寵妃李氏等陰謀奪權有關。622年（天啟二年），明廷將崔文升發遣南京，李可灼遣戍邊疆。“紅丸”一案由于各派的爭斗總算草草了解，但其中的疑點并沒有弄清楚。后人為此曾進行過一系列的考證和爭論，但最后也都沒有結果。

因為在移宮案中熹宗對東林有好感，所以從天啟元年到天啟4年，明朝朝政處在東林黨的掌控之下。東林黨繼續打擊浙，楚等五黨，將朝中的“邪派”多數清除。